Tuvo debut fugaz a comienzos de 2003 cuando ingresó faltando pocos minutos en dos partidos del Millonarios de Peluffo. Reapareció a mediados de 2004 en el recordado «kinder de Cortés». A diferencia de su padre, recordado porque se cansó de darle puntos a Millonarios con sus goles, Jaime Rafael es recordado por algunos pocos sicópatas de la estadística justo por lo contrario: por el punto que le quitó a los azules (sin dolo de por medio, por supuesto) arrancando el finalización de 2004.
Ocurrrió, como casi nunca pasa, que el siempre diligente gerente deportivo de Millonarios, Héctor Javier Céspedes no tuvo en cuenta la fecha de suspensión que recaía sobre Morón por una expulsión en el torneo de reservas y autorizó su presencia en el banco. Con el partido 1-1 y necesitado de alternativas en el frente de ataque, el novel técnico azul Óscar Fernando Cortés dispuso su ingreso que de nada sirvió pues el partido terminó en empate. Poco después vino la demanda del DIM, el proceso de rigor y la pérdida de uno de los pocos puntos que logró cosechar un equipo que muchos ingenuos creyeron iba a ser el de peor campaña en la historia azul.
Al año siguiente, sin saldo en rojo en la cuenta de la comisión disciplinaria de la Dimayor, se despidió del fútbol activo jugando algunos minutos-homenaje en el equipo que pasó a dirigir Dragan Miranovic.