Otro buen ejemplo de fidelidad y nobleza que a diferencia de otros pares suyos en el tema de la eterna suplencia tuvo alguna recompensa. Como el mejor de los amigos, entre 1987 y 1994 (con una breve interrupción en 1992 cuando probó suerte en el Real Cartagena) Fernando siempre estuvo ahí para decir “presente” cada vez que su equipo lo necesitó. Abnegado como el “Bocha” Jiménez, su corazón no albergó odios ni rencores cada vez que la llegada de otro arquero lo obligaba a regresar al banco de suplentes del que se había levantado para ir a hacer lo suyo en el arco cada vez que el fantasma de la crisis rondó las toldas cardenales.
Su carrera comenzó con pergaminos siendo suplente del mundialista Fernando Alvez en su breve paso por Santa Fe. Después vino la excentricidad al ser suplente durante tres años de otro suplentazo memorable: Eduardo Niño. En 1990 con una fugaz titularidad que le duró un año creyó en vano que su destino sería otro. Estaba equivocado, en 1991 debió cederle su puesto al crédito de Canelones, Carlos Arias. Apagando uno que otro incendio, Fernando hizo méritos para ser transferido al Real Cartagena en 1992. El vacío que dejó en el banco cardenal fue grande. Tan grande que para 1993 José Fernando renunció a cualquier ambición personal para estar una vez más ahí sentado siempre listo ante cualquier eventualidad En 1994 comenzó el año con la resignación d
e quien ha descubierto una nueva forma de ver el fútbol y la vida desde el banco que sólo unos cuantos Calles, Chimás y Nazariths iluminados comprenden. Sin embargo, 1994 fue un año difícil para el Santa Fe. Las crisis vinieron una tras otra y no tardó en caer la cabeza de Carlos Arias que había comenzado la temporada como titular. A mitad de año el hedor a formol ya se había apoderado del equipo y Fernando Hernández una vez más estuvo ahí, en la mala, para tratar de rescatar algo del mancillado orgullo cardenal. Esta fue también su última temporada en Santa Fe. Su último partido en Bogotá defendiendo el arco rojo estuvo perfectamente acorde con el perfil mediano que siempre manejó: un intrascendente 1-1 contra el casi descendido Bucaramanga. Su despedida se sellaría con otro clásico del pasado reciente de Santa Fe: una derrota 2-0 contra América en Cali.
Pero Fernando era ante todo un tipo de la casa. Por eso no tuvo problema en responder favorablemente al llamado que se le hizo desde El Cóndor de la primera B en la época en que todavía era la filial de Santa Fe. Allí fue finalmente titular inamovible. Situación con la que no logró sentirse nunca del todo a gusto. No era lo mismo, la banca le coqueteaba durante todo el partido minando su concentración. Esa fue la constante durante las temporadas que ocupó estuvo en el Cóndor. Después de esto, Fernando no tuvo problemas en despedirse del fútbol activo con la tranquilidad que acompaña al iluminado. .